吉田 晶樹　ウェブページ

　市販の外付けHDDのファイルシステムを変更したい場合、容量が2TB以下であれば従来通りにfdiskというコマンドが使えますが、2TB以上の場合は、partedというコマンドを使用する必要があります。
　以下では、I・Oデータ社製HDJA-UTRWシリーズの8TBの外付けHDDのファイルシステムを、Linuxマシン（OS: AlmaLinux 8）上でLinuxファイルシステム（ext4）に変更する場合の手順の覚え書きを紹介します。rootでログインして作業を行ってください。

　su -でログインする。
　外付けHDDをマシンに接続したあと、df -hでマウントされているか確認する。

[root@xxx user_name]# 
df -h
Filesystem      Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/sda3       923G   30G  894G   4% /
devtmpfs         47G     0   47G   0% /dev
tmpfs            47G   33M   47G   1% /dev/shm
tmpfs            47G   27M   47G   1% /run
tmpfs            47G     0   47G   0% /sys/fs/cgroup
/dev/sdc        9.1T  282M  9.1T   1% /home
/dev/sda1       485M  196M  290M  41% /boot
tmpfs           9.3G   40K  9.3G   1% /run/user/1002
/dev/sdd        7.3T  319M  7.3T   1% /run/media/yoshida/HDJA-UT　（←ここ）

　parted -lでパーティションの初期状態を確認する。

[root@xxx user_name]# 
parted -l

…（マシンに付いている他のディスクの情報が長々と表示された後、最後に）

Model: I-O DATA HDJA-UT (scsi)
Disk /dev/sdd: 8002GB
Sector size (logical/physical): 512B/4096B
Partition Table: gpt
Disk Flags:

Number  Start   End     Size    File system  Name                          Flags
 1      17.4kB  134MB   134MB                Microsoft reserved partition  msftres
 2      135MB   8002GB  8001GB  
ntfs
         Basic data partition          msftdata

「File system」が「ntfs」であることに注意。

次に、mklabelでラベル（パーティションの管理方式）をGPT（GUID Partition Table）に設定する。

[root@xxx user_name]# 
parted /dev/sdd
GNU Parted 3.1
Using /dev/sdd
Welcome to GNU Parted! Type 'help' to view a list of commands.
(parted) 
mklabel gpt
Warning: Partition(s) on /dev/sdd are being used.
Ignore/Cancel? 
I
　（←警告が出るが無視）
Warning: The existing disk label on /dev/sdd will be destroyed and all data 
on this disk will be lost. Do you want to continue?
Yes/No? 
Y
Error: Partition(s) 2 on /dev/sdd have been written, but we have been unable 
to inform the kernel of the change, probably because it/they are in use. 
As a result, the old partition(s) will remain in use.  
You should reboot now before making further changes.
Ignore/Cancel? 
I
　（←警告が出るが無視）
(parted) 
q
Information: You may need to update /etc/fstab.                                                       

新しいパーティションの作成

もう一度partedコマンドを実行。

[root@xxx user_name]# 
parted /dev/sdd
GNU Parted 3.2
Using /dev/sdd
Welcome to GNU Parted! Type 'help' to view a list of commands.
(parted) 
mkpart
Partition name?  []? 
primary
　（←名前は何でも良い）
File system type?  [ext2]? 
ext4
Start? 
0%
End? 
100%
Error: Error informing the kernel about modifications to partition /dev/sdd1 --
Device or resource busy.  This means Linux won't know about any changes you made to
/dev/sdd1 until you reboot -- so you shouldn't mount it or use it in any way before 
rebooting.
Ignore/Cancel? 
I
　（←警告が出るが無視）
Error: Partition(s) 2 on /dev/sdd have been written, but we have been unable 
to inform the kernel of the change, probably because it/they are in use. 
As a result, the old partition(s) will remain in use.  
You should reboot now before making further changes.
Ignore/Cancel? 
I
　（←警告が出るが無視）
(parted) 
q
Information: You may need to update /etc/fstab.

　parted -lで、パーティションのサイズや名前が合っているか確認する。この時点では、まだext4でフォーマットされていないので「ファイルシステム」には何も表示されない。

[root@xxx user_name]# 
parted -l

…（マシンに付いている他のディスクの情報が長々と表示された後、最後に）

Model: I-O DATA HDJA-UT (scsi)
Disk /dev/sdd: 8002GB
Sector size (logical/physical): 512B/4096B
Partition Table: gpt
Disk Flags:

Number  Start   End     Size    File system  Name                          Flags
 1      17.4kB  134MB   134MB                Microsoft reserved partition  msftres
 2      135MB   8002GB  8001GB               Basic data partition          msftdata

「File system」が空白になっていればOK。

　ext4でフォーマットを開始しようとするが…、

[root@xxx user_name]# 
mkfs -t ext4 /dev/sdd
/dev/sdd is entire device, not just one partition!
Proceed anyway? (y,n) 
y
/dev/sdd is apparently in use by the system; will not make a filesystem here!

　以上のように表示されて、マウントしたままではフォーマットできないので、一旦外付けHDDをアンマウントする。

[root@xxx user_name]# 
umount /run/media/user_name/HDJA-UT

　df -hでアンマウントされているか確認する。

[root@xxx user_name]$ 
df -h
Filesystem      Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/sda3       923G   30G  894G   4% /
devtmpfs         47G     0   47G   0% /dev
tmpfs            47G   96M   47G   1% /dev/shm
tmpfs            47G   27M   47G   1% /run
tmpfs            47G     0   47G   0% /sys/fs/cgroup
/dev/sdc        9.1T  281M  9.1T   1% /home
/dev/sda1       485M  196M  290M  41% /boot
tmpfs           9.3G   40K  9.3G   1% /run/user/1002

　外付けHDDをマシンから外した後、再び外付けHDDをマシンに接続し、parted -lでパーティションを確認する。

[root@xxx user_name]# 
parted -l

…（マシンに付いている他のディスクの情報が長々と表示された後、最後に）

Model: I-O DATA HDJA-UT (scsi)
Disk /dev/sdd: 8002GB
Sector size (logical/physical): 512B/4096B
Partition Table: gpt
Disk Flags:

Number  Start   End     Size    File system  Name                          Flags
 1      17.4kB  134MB   134MB                Microsoft reserved partition  msftres
 2      135MB   8002GB  8001GB               Basic data partition          msftdata

　もう一度、ext4でフォーマットの開始を試みる。

[root@xxx user_name]# 
mkfs -t ext4 /dev/sdd
mke2fs 1.42.9 (28-Dec-2013)
/dev/sdd is entire device, not just one partition!
Proceed anyway? (y,n) 
y
Filesystem label=
OS type: Linux
Block size=4096 (log=2)
Fragment size=4096 (log=2)
Stride=0 blocks, Stripe width=0 blocks
244191232 inodes, 1953506646 blocks
97675332 blocks (5.00%) reserved for the super user
First data block=0
Maximum filesystem blocks=4102029312
59617 block groups
32768 blocks per group, 32768 fragments per group
4096 inodes per group
Superblock backups stored on blocks:
    32768, 98304, 163840, 229376, 294912, 819200, 884736, 1605632, 2654208,
    4096000, 7962624, 11239424, 20480000, 23887872, 71663616, 78675968,
    102400000, 214990848, 512000000, 550731776, 644972544, 1934917632

Allocating group tables: 
done
Writing inode tables: 
done
Creating journal (32768 blocks): 
done
Writing superblocks and filesystem accounting information: 
done

　「done」が出ればフォーマットは成功。parted -lでパーティションを確認する。

[root@xxx user_name]# 
parted -l

…（マシンに付いている他のディスクの情報が長々と表示された後、最後に）

Model: I-O DATA HDJA-UT (scsi)
Disk /dev/sdd: 8002GB
Sector size (logical/physical): 512B/4096B
Partition Table: gpt
Disk Flags:

Number  Start   End     Size    File system  Name                          Flags
 1      17.4kB  134MB   134MB                Microsoft reserved partition  msftres
 2      135MB   8002GB  8001GB  
ext4
         Basic data partition          msftdata

　次に、自分のアカウント（user_name）のhome領域に作成したディレクトリ（newhdd）に、外付けHDDをマウントする。

[root@xxx user_name]# 
mkdir newhdd
[root@xxx user_name]# 
mount /dev/sdd /home/user_name/newhdd

　df -hできちんとマウントされているか確認する。

[root@xxx user_name]# 
df -h
Filesystem      Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/sda3       923G   30G  894G   4% /
devtmpfs         47G     0   47G   0% /dev
tmpfs            47G   96M   47G   1% /dev/shm
tmpfs            47G   27M   47G   1% /run
tmpfs            47G     0   47G   0% /sys/fs/cgroup
/dev/sdc        9.1T  282M  9.1T   1% /home
/dev/sda1       485M  196M  290M  41% /boot
tmpfs           9.3G   40K  9.3G   1% /run/user/1002
/dev/sdd        7.3T   93M  6.9T   1% /home/user_name/newhdd

　newhddに入って、「lost+found」以外、ディレクトリの中に何もファイルがないことを確認する。

[root@xxx user_name]# 
cd newhdd
[root@xxx newhdd]# 
ls
.  ..  lost+found

　引き続き、マウントした外付けHDDにデータを書き込みたいときは、そのまま作業をすすめる。その際、newhddに書き込みの許可を与える。

[root@xxx user_name]# 
chmod a+w newhdd

　データを書き込まず一旦アンマウントして、外付けHDDを外したい場合は、newhddから出てアンマウントする。

[root@xxx newhdd]# 
umount /home/user_name/newhdd
umount: /home/yoshida/newhdd: target is busy.
        (In some cases useful info about processes that use
         the device is found by lsof(8) or fuser(1))
[root@xxx newhdd]# 
cd ..
[root@xxx user_name]# 
umount /home/user_name/newhdd

　以上で終了。

　Linuxコンピューターに、地球科学で広く使われている作図ソフト「Generic Mapping Tools (GMT)」をインストールする際の覚え書きです。
　以下は、Rocky Linux 8にGMTをインストールした例です。

　まず、以下のように入力し、LinuxのOSを確認します。

[root@xxx ~]# cat /etc/os-release

あるいは、Red Hat系のOSであることがわかっていれば、以下のように入力します。

[root@xxx ~]# cat /etc/redhat-release

　さらに、

[root@xxx ~]# dnf search gmt

と入力し、「GMT.x86_64 : Generic Mapping Tools」という文字があれば、そのOSでのGMTのパッケージが存在するのでインストール可能であることがわかります。

　GMTに公式サイトから以下のように辿っていきます。
　　https://www.generic-mapping-tools.org/documentation/
　　→https://docs.generic-mapping-tools.org/latest/
　　→https://docs.generic-mapping-tools.org/latest/install.html

　そして、上のサイトに書かれている通りにインストールします。

[root@xxx ~]# sudo dnf install epel-release
[root@xxx ~]# sudo dnf install GMT dcw-gmt gshhg-gmt-nc4 gshhg-gmt-nc4-full gshhg-gmt-nc4-high ghostscript
[root@xxx ~]# sudo dnf localinstall --nogpgcheck https://download1.rpmfusion.org/free/el/rpmfusion-free-release-`rpm -E %rhel`.noarch.rpm
[root@xxx ~]# sudo dnf install ffmpeg GraphicsMagick

　途中で、"Is this ok [y/N]:"と訊かれますが、全て、"y"と入力してエンターキーを押します。

　無事にインストールできたかどうかは以下のコマンドで確認できます。

[root@xxx ~]$ gmt --version
6.5.0

　最新バージョンより少し古いバージョンがインストールされている場合がありますが気にしないことにします。
　あるいは、例えば、以下のようにすると、GMTのコマンドであるpsxyの説明がつらつらと表示され、GMTが無事にインストールされたことがわかります。

[root@xxx ~]$ gmt psxy

　GMTで作図できるかどうか確認するために、2011年に日本列島とその周辺で起きた気象庁マグニチュード5以上の震源データをプロットしてみましょう。スクリプトファイルとデータファイルを同じディレクトリにダウンロードし、次のように実行します。

[user@xxx ~]$ chmod +x gmt_meca.sh（スクリプトファイルのアクセス権限を実行可にする。初回のみ）
[user@xxx ~]$ gmt_meca.sh

　そうすると、こちらのようなPDFファイルが保存されます。
　ちなみに、このPDFの図では、震源の深さはカラーマップ「jet」が使われていますが、GMTでは多くのカラーマップがビルトインされています。

　GMTを使用するには、地図データ（GSHHGとDCW）もインストールする必要がありますが、上記の作業ですでにインストールされています。GSHHG(Global Self-consistent, Hierarchical, High-resolution Geography）は海岸線、島、湖、河川などの物理・地形データで、DCW(Digital Chart of the World）は国境、州境などの政治・行政データで、互いに補完する関係にあります。
　GMT、GSHHG、DCWの最新バージョンを確認したいときはこちらで確認してください。2026年4月上旬の段階では、GMT 6.6.0、GSHHG 2.3.7、DCW 2.2.0が最新バージョンです。

自分の計算機のアカウント＠ドメインをuser@zibun.ac.jp、相手の計算機のアカウント＠ドメインをuser@aite.ac.jpとする。

相手の計算機上から、自分の計算機の/home/user/dir/にデータ転送する場合

rsync -avuh --progress [移したいディレクトリ名もしくはファイル名の絶対パス] user@zibun.ac.jp:/home/user/dir

ワイルドカード*でディレクトリ名（例えば、dir0、dir1、dir2、…）を指定する場合、dir*とし、dir*/のようにスラッシュを付けないこと。

自分の計算機上で、相手の計算機の/home/user/dirのディレクトリを丸ごとデータ転送する場合

rsync -avuh --progress user@aite.ac.jp:/home/user/dir . 

自分の計算機上で、相手の計算機の/home/user/dir/にあるファイル（file）をデータ転送する場合

rsync -avuh --progress user@aite.ac.jp:/home/user/dir/file .

• zオプション（圧縮転送）は多くの場合で高速化に寄与する場合が多いが、元から圧縮しているものに対しては、逆に遅くなるとの報告もある。実際のアウトプットファイルで効果を見積もると良い。
• --progress　オプションもscpライクに転送経過を表示するので利用しやすい。
• rsyncには多くのオプションがあり、複雑なことを実施させようとした場合、予期せぬ挙動となる場合があるので注意。